Iseo è tra i paesi rivieraschi del lago quello il cui centro storico ha meglio conservato l’organizzazione urbana medievale che, solo parzialmente modificata nei secoli XV-XVIII, è pervenuta quasi indenne fino all’ultimo scorcio dell’Ottocento.
Le origini del paese si perdono nell’antichità: le sue sponde furono abitate fin dalla preistoria, come è stato documentato dal ritrovamento archeologico di strutture dell’età del Bronzo (XIII sec. a.C.) avvenuto negli anni 1999/2000 lungo la Via per Rovato.
Il nome sembra però derivare dal culto della dea Iside che rimanda all’epoca romana; le condizioni naturali, estremamente favorevoli, rendono senz’altro probabile l’esistenza di un vicus significativo, come è attestato dal rinvenimento di pavimentazioni di una domus o villa, nella parte alta del paese, risalenti al I sec. d.C.
La fortuna di Iseo nasce in epoca altomedievale, quando la presenza della Pieve, del porto-mercato e del castello, promuovono l’abitato come il centro più importante dell’area Sebina. La prima citazione della presenza di un castello in Iseo è contenuta nel Polittico di S. Giulia datato alla fine del IX inizi X secolo: infatti l’elenco delle proprietà del potente monastero bresciano, fondato da Desiderio re dei Longobardi, riporta la presenza di una corte con una vigna del castello. E’ però a partire dai primi secoli del basso medioevo che il castello, situato su un’emergenza rocciosa al limite meridionale del centro storico, andò a costituire l’apice e il fulcro delle difese del paese medievale.
Iseo fu circondato da diverse cerchie di mura: la più antica cingeva probabilmente solo la collina sulla quale sorgeva il castello e la chiesa di S. Stefano (oggi Madonna della Neve), successivamente furono realizzati altri due ampliamenti prima di giungere all’inizio del XIV secolo quando fu costruita la cinta muraria più ampia che andava a comprendere anche l’area della Pieve, un tempo esterna al centro abitato.
Al paese si accedeva attraverso tre porte: la porta del Campo, sulla via per Rovato, la porta delle Mirolte, rivolta verso il monte, e la porta del Porciolo, sulla via per la riviera sebina e la Valle Camonica.
Tra il XII e il XV secolo il paese fu coinvolto nelle guerre con il Comune di Brescia e nelle dispute fra impero e papato vivendo momenti drammatici, come nel caso dell’assedio e del saccheggio avvenuto il 28 luglio 1161 da parte dell’esercito di Federico Barbarossa. Iseo conservò comunque un livello di ricchezza elevato tale da consentire la realizzazione di edifici religiosi di grande qualità (pieve di S. Andrea, chiesa di S. Silvestro) e la diffusione di un’edilizia civile in pietra che ancora oggi si può riscontrare nelle contrade del Sombrico e del Campo.
Nel contempo emersero vari esponenti della nobiltà locale tra i quali la famiglia più rappresentativa e potente fu quella Ghibellina dei Da Iseo/Oldofredi che, alleata alla famiglia Federici della Valle Camonica, mantenne per vari secoli un controllo politico ed economico sia del paese che di larga parte del territorio sebino e franciacortino.
Nel 1454 Venezia estese in modo stabile i suoi possedimenti alle provincie bresciana e bergamasca, dominio che manterrà per circa tre secoli e mezzo. Il paese, pur mantenendosi dentro le mura trecentesche, rinnovò i propri edifici, soprattutto nella parte centrale dell’odierna piazza Garibaldi, e lentamente conquistò terreno edificabile sottraendolo al lago.
Gli anni tra il 1820 e il 1860 furono caratterizzati da una forte espansione economica: filande, opifici e concerie erano localizzati sulla sponda del lago per usufruire dell’acqua necessaria alle lavorazioni manifatturiere e per la facilità di trasporto delle merci attraverso chiatte. Altra fonte di ricchezza per Iseo furono il porto, che venne potenziato, ed il mercato che si svolgeva due volte alla settimana.
Nel 1840 vennero demolite le porte medievali e, negli stessi anni, l’architetto Rodolfo Vantini realizzò il nuovo palazzo dei grani (ora municipio) e ristrutturò completamente l’interno della Pieve di S. Andrea.
A fine ottocento fu costruita la linea ferroviaria Brescia-Iseo che venne collegata con il porto (l’attuale Viale della Repubblica) attraverso la demolizione delle mura medievali della contrada del Campo.
Dal secondo dopoguerra Iseo riprese la centralità economica nell’ambito del Basso Sebino, soprattutto grazie alla riscoperta della sua vocazione turistica.